EEL-i peamised tegevussuunad ja eesmärgid kinnitatakse ühingu liikmete üldkoosoleku otsustega, mille kutsub juhatus kokku mitte hiljem kui kuue kuu jooksul arvates majandusaasta lõppemisest ja millel võivad hääleõigusega osaleda kõik liikmed.

EEL-i juhatuse liikmeteks on Urmas Ambur, Erki Vabamets, Tanel Padar, Ülar-Johannes Palm ja Mihkel Mattisen.

EEL-i igapäevatööd korraldab tegevdirektor Urmas Ambur.